Jatobas,,,
Sim é necessario o uso de um certificado digital para realizar as consultas, assim não deixamos que um contribuinte consulte notas emitidas por outro.
Infelizmente não conheço uma metodologia pronta em PHP disponivel na web mas os manuais podem ser encontrados no Site Ginfes do municipio na aba "manuais"
Baixe os schemas XSD v03 e escolha os metodos de consulta que possam lhe atender (consulta por numero de nota, numero de RPS ou numero de protocolo de lote).
Espero ter ajudado
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abraços