Id do lote é um sequencial de controle do contribuinte, ou seja, normalmente os desenvolvedores colocam o número do lote como Id (controle do sistema), em alguns portais de consulta da pra ver a situação dos lotes, então o número deles serve para este controle.
e a Id do RPS é o sequencial da RPS dentro daquele XML, lembrando que um lote pode ter mais de um RPS normalmente.