(RESOLVIDO)ERRO O documento XML difere da assinatura. - O documento XML não pode conter alterações após a assinatura.

public static string AssinaLoteRpsDigitalmente(string xml)
        {
            //Cria um novo ArquivoXml para manusea-lo
            XmlDocument doc = new XmlDocument();
            doc.PreserveWhitespace = false;
            doc.LoadXml(xml);

            //Pega o certificado válido para usar na assinatura do xml
            X509Certificate2 Cert = LocalizaCertificadoValido();
            string x = Cert.GetKeyAlgorithm();

            //Cria um objeto de assinatura do arquivo
            SignedXml signedXml = new SignedXml(doc);

            //Adiciona a chave do certificado no objeto de assinatura do arquivo
            signedXml.SigningKey = Cert.PrivateKey;

            //Cria um objeto de referencia para assinatura
            Reference reference = new Reference();
            //Pega os atributos da tag LoteRps
            XmlAttributeCollection _Uri = doc.GetElementsByTagName("LoteRps").Item(0).Attributes;
            foreach (XmlAttribute _atributo in _Uri)
            {
                if (_atributo.Name == "Id")
                {
                    http://reference.Uri = "#" + _atributo.InnerText; Comentada para realizar a integração.
                    reference.Uri = "";
                }
            }

            //Adiciona o envelope de transformação da referencia
            XmlDsigEnvelopedSignatureTransform env = new XmlDsigEnvelopedSignatureTransform();
            reference.AddTransform(env);
            XmlDsigC14NTransform c14 = new XmlDsigC14NTransform();
            reference.AddTransform(c14);

            //Adiciona a referencia no objeto de assinatura
            signedXml.AddReference(reference);

            //Cria um objeto KeyInfo
            KeyInfo keyInfo = new KeyInfo();

            //Adiciona o certificado no objeto KeyInfo
            keyInfo.AddClause(new KeyInfoX509Data(Cert));

            //Adiciona o objeto KeyInfo no objeto de assinatura do arquivo
            signedXml.KeyInfo = keyInfo;

            //"Computa" a assinatura
            signedXml.ComputeSignature();

            //Cria um elemento do arquivo xml com a assinatura do arquivo
            XmlElement xmlDigitalSignature = signedXml.GetXml();
            //Adiciona a tag de assinatura no Documento Xml
            doc.DocumentElement.AppendChild(doc.ImportNode(xmlDigitalSignature, true));

            return doc.InnerXml;

        }